Eigene Auflösungen benutzen geht, 3D geht bei mir mit AMD HD3D (LG TriDef) nicht - da würdest du aber wahrscheinlich eh keinen Spaß dran haben. Ich hab die Erfahrung gemacht, dass Actionspiele / Egoshooter in 3D nur mäßig funktionieren, wenn sie nicht dafür ausgelegt sind eher gar nicht.
Das Spiel besitzt Einstellungen, die in die Richtung gehen (cl_stereo und cl_stereo_separation), die konnte ich aber bis jetzt auch nicht zum laufen bringen - hab's aber auch nicht wirklich probiert.
Für eine beliebige Auflösung in b41 einfach vid_resx auf die Breite und vid_resy auf die höhe setzen, dann gl_mode auf -1. Wenn dein Monitor also 3840 × 2160 unterstützt, in die Konsole eingeben:
seta vid_resx 3840; seta vid_resy 2160; seta gl_mode -1